Der Gartenrotschwanz leidet unter dem Verlust alter Bäume mit Bruthöhlen, der Umwandlung traditioneller Obstwiesen und extensiver Waldränder sowie unter monotonen, strukturarmen Gärten. Der Rückgang der Insektenvielfalt verschärft die Nahrungsknappheit, insbesondere während der Jungenaufzucht. Hinzu kommen Beeinträchtigungen auf dem Zugweg und in den afrikanischen Winterquartieren, wo Lebensräume schwinden und sich klimatische Bedingungen verändern.
Auch die Sanierung oder der Verlust alter Gebäude mit potenziellen Nistmöglichkeiten verringern das Angebot geeigneter Brutplätze. Alle diese Faktoren haben in vielen Regionen Europas zu einem deutlichen Bestandsrückgang geführt.
In Luxemburg ist der Gartenrotschwanz dank gezielter Schutzmaßnahmen seit 2024 nicht mehr auf der Roten Liste, dennoch bleibt er auf hochwertige, strukturreiche Lebensräume angewiesen, um dauerhaft stabile Bestände zu sichern.